Elle fut pillée une première fois le 30 avril 1459 par les routiers.

Cent ans plus tard, les guerres de religion faisant rage, le prieur dom Antoine Chamard se mit en état de la fortifier en détruisant, avant 1561, le grand cloître qui ne fut jamais reconstruit. Cela n'empêcha pas la chartreuse d'être prise par traîtrise le 23 août 1569.

Elle échappa à la destruction, mais le prieur fut massacré. En 1606, on construisit une tour ronde au nord-ouest pour soutenir et appuyer l'église et l'ensemble des bâtiments qui menaçaient ruine de tous côtés. En 1622, on note que depuis plus de vingt ans on a commencé à rebâtir la maison. Malheureusement, suite à un incendie général en 1653, tout est à reprendre. Et cela est fait immédiatement, in situ, puisque les couverts sont rétablis en moins de trois mois, avant la tenue du chapitre général en Chartreuse. On reconstruit donc sur place, mais trop rapidement, si bien qu'en 1722 tout est encore à reprendre.

On a en 1723 le compte de la reconstruction à neuf du devant de l'église que l'on reconstruit de 1721 à 1724 dans le goût du jour. Le petit cloître s'étant écroulé avant/ou en 1728 est repris par les fondements et on le rebâtit de 1728 à 1730. En 1733, on exécute un escalier de pierre réclamé en 1724. Tout cela constitue un vaste chantier inachevé à la Révolution, ce qui fait que, le 26 avril 1790, le P.V. d'inventaire de la chartreuse précise que : « ... cette maison de Bonnefoy ne peut loger que neuf religieux, le reste de la maison n'étant pas fini de bâtir ».

Il est trop tard, les religieux sont dispersés, les bâtiments vendus comme bien national. Ils seront dépecés dans les années 1840, les pierres vendues, jusqu'au portail de l'église. On a peine à se l'imaginer aujourd'hui au vu de ses ruines.